La prise de fonction comme nouveau Recteur du Père Virgílio a eu lieu le 25 septembre 2008, dans l’Église de la Sainte Trinité. À ce moment là, le Père Virgílio a réfléchi sur le phénomène des apparitions. « Face aux doutes et aux perplexités  que le phénomène des apparitions a toujours déclanchés en beaucoup de personnes et de secteurs, je me suis toujours senti conforté avec l’attitude de l’Église, en la personne des évêques de Leiria et surtout dans la personnes des Papes Paul VI et Jean Paul II. Leurs paroles, mais encore plus leurs pèlerinages ont fait sentir à tous que Fátima est en syntonie avec l’Église et avec l’Évangile », a-t-il affirmé.

En finissant son discours, le Père Virgílio Antunes s’est adressé à tous les fidèles de Notre-Dame de Fátima. « Une parole finale pour les pèlerins ici présents, pour ceux qui nous accompagnent à travers les moyens de communication et tous ceux à qui arrivera ce message. Notre-Dame est apparue à Fátima à cause de vous et le Sanctuaire de Fátima existe pour vous. Les pèlerins du présent ou ceux qui le deviendront dans le futur, sont la raison d’être de tout ce qui est ici proposé, annoncé et vécu. Nous sentons pour cela, une grande responsabilité envers vous, car nous voulons être des petits instruments qui vous aident à la rencontre avec Dieu à travers la figure de Marie. Soyez les bienvenus. Nous ferons tout pour bien vous recevoir, bien sûr dans les directives de l’Église et de la raison d’être de ce Sanctuaire », a dit le nouveau Recteur.

Avant les félicitations, réalisées  dans le bâtiment du Rectorat, le nouveau Recteur a ainsi prié Notre-Dame de Fátima dans la Chapelle des Apparitions : « En ce jour aussi spécial, devant Votre très simple chapelle et Votre statue immaculée, nous nous consacrons à Vous. Entre Vos mains nous déposons Votre Sanctuaire. À Vous, nous offrons tous les projets et tous les programmes. À Vous, nous demandons Votre aide et protection pour que Votre message soit répandu. Pour que triomphe Votre Cœur Immaculé. Pour que les pèlerins trouvent le salut. Nous Vous consacrons tous les collaborateurs, les prêtres, les salariés, les volontaires. Bénissez-nous et toutes nos actions. Amen ».